員工持股的方式一般有三種，自然人直接持股、有限責任公司持股和有限合伙企業持股。本文就這三種持股方式的稅收情況進行探討。
1、員工直接持股
（1）限售股轉讓所得稅
根據財政部、國家稅務總局《關于個人轉讓上市公司限售股所得征收個人所得稅有問題的通知》（財稅【2009】167號）的規定，對個人轉讓限售股取得的所得，按照“財產轉讓所得”，適用20%的比例稅率征收個人所得稅。其中，應納稅所得額=限售股轉讓收入-（股票原值+合理稅費）。
（2）股息、紅利所得稅
根據《個人所得稅法》（2011）第三條第五款，利息、股息、紅利所得稅率為百分之二十。根據財政部、國家稅務總局《關于實施上市公司股息紅利差別化個人所得稅政策有關問題的通知》（財稅[2012]85號）規定，個人從公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票，持股期限在1個月以內（含1個月）的，其股息紅利所得全額計入應納稅所得額；持股期限在1個月以上至1年（含1年）的，暫減按50%計入應納稅所得額；持股期限超過1年的，暫減按25%計入應納稅所得額。
2、通過有限責任公司持股
（1）限售股轉讓所得稅
公司轉讓限售股時，公司按25%的稅率繳納企業所得稅，公司向自然人股東分紅時，自然人股東按20%的稅率繳納個人所得稅。因此，在不考慮稅收優惠和稅收籌劃的前提下，稅率為1-(1-25%)(1-20%)=40%。
（2）股息、紅利所得稅
根據《企業所得稅法》（2007）第二十六條，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益為免稅收入。根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》（2007），企業所得稅法第二十六條第（二）項所稱符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，是指居民企業直接投資于其他居民企業取得的投資收益。因此，員工持股平臺公司從上市公司取得分紅時不需要繳納企業所得稅。員工持股平臺公司分紅時，自然人股東需要繳納20%的個人所得稅。
3、通過有限合伙企業持股
在此討論的是自然人作為LP持股的稅收問題，GP一般為有限責任公司，稅收有所不同。
（1）限售股轉讓所得稅
根據《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅[2000]91號）（以下簡稱“91號文”），“個人獨資企業和合伙企業每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5％—35％的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。前款所稱收入總額，是指企業從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入，包括商品(產品)銷售收入、營運收入、勞務服務收入、工程價款收入、財產出租或轉讓收入、利息收入、其他業務收入和營業外收入?！卑创艘幎?，合伙企業轉讓限售股時，自然人合伙人按5%至35%的累進稅率征收個人所得稅。但是一些地方為了鼓勵股權投資類合伙企業，在合伙企業轉讓限售股時，按20%征收個人所得稅。
（2）股息、紅利所得稅
根據《關于<國家稅務總局關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定>執行口徑的通知》（國稅函[2001]84號）（以下簡稱“84號文”），合伙企業對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入合伙企業的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅?！袄?、股息、紅利所得”所得稅率為20%。
總結一下，本文主要討論了兩種情況下的稅負情況，一是限售股轉讓所得，二是股息、紅利所得。
一、限售股轉讓所得：
員工個人持股 20%； 有限責任公司 40%；有限合伙企業 5%-35%累進稅率或20%
二、股息、紅利所得：
三種持股方式稅率一樣，均為20%
